《隐形守护者》的最终大结局中，肖途出狱后和陆望舒在农村过着清苦的下半生。直到1982年，组织带来了方敏的信，证明了他那些年的贡献。压抑了那么多年，肖途终于可以光明正大地补上入党申请。此外，庄晓曼逃离并和爱人定居海外，算是女角色中结局最好的了。纯子以肖途的讲述编撰了反战的书，武藤志雄作序。方敏并没有黑化，她在第二号之后继续进行潜伏的工作，是为第三号。她还为肖途补充了当年被烧掉的证明材料，放在《容斋六笔》中，期待着有一天肖途可以故地重游找到这本书。

在1950年，方敏并没有黑化，她在第二号之后继续进行潜伏的工作，是为第三号。她还为肖途补充了当年被烧掉的证明材料，放在《容斋六笔》中，期待着有一天肖途可以故地重游找到这本书。1950年与被高源杀害，但临死前送出关键的情报。

档案剧情中，各结局的解析如下：

东瀛线最后跟老太太的交流表现了战争的残酷和战争结局，个人感觉一般般。最重要的还是应该突出你杀了纯子的旁白讽刺而不是最后简单的跟你说，你最后选什么都死。让玩家有灵魂上的折磨与扪心自问的情感纠葛，所以我觉得，应该在你杀了纯子之后截然而止，这样可以给玩家更多的反思和留白空间。

丧钟为谁而鸣是新出的结局给了玩家们一个挽回和赎罪的机会。不过这个其实还是为了让有些玩家不至于玻璃心吧。另外我怀疑这个结局可能是唯一方敏存活的结局，可能为了给玩家一个拯救方敏的机会。

美丽新世界线相比于原版的残酷，改的有点难受，但也是没办法的事情。能接受，但是还是想说一下跟原来比哪里不满意。原来的事件比现在两党斗争更残酷，因为确切是我们历史线中存在的事件，越是真实的事件，哪怕人物是虚构的，也能给我们一种血淋淋的痛感，而我个人是很喜欢这种痛感带给我们的灵魂抨击的。

每个三观不正的结局主角都被毁灭了这是我个人很不喜欢的一点。我觉得一个故事如果想要讲得真实，就不应该盲目遵守好人有好报，坏人有恶报这样的因果关系。所以我宁可看到线最后肖途即使背叛了信仰，背叛了组织，毁灭了美好的，善良的纯子，但我依然希望他能活着。

1、游戏的结局还有庄晓曼逃离并和爱人定居海外等情节。如需更多信息，建议亲自体验游戏或查看游戏攻略。