在未来世界，由于外星战乱，大批外星生物涌入地球寻求庇护。美国移民规划局设立了绝密六处，专门负责外星人的安置工作。这些工作人员被称为“黑衣人”，身着黑色西装、佩戴墨镜。经验丰富的“黑衣人”K拦截了一辆载有外星人的卡车，并使用特制手电筒消除了被外星人控制的地球人的记忆。与此同时，一名年轻警察J在追逐一名外星罪犯时展现出了出色的能力，被K招募加入“黑衣人”队伍。

他们共同对抗邪恶外星人埃德加，他得到了具有无穷威力的“银河钻石”，计划统治整个银河系。关键时刻，医学家劳瑞尔追踪到了外星人的宇宙飞船，与K和J展开激战，最终摧毁了外星人的阴谋。虽然外星人逃离了地球，但显然他们并未放弃，预示着未来更猖獗的反攻。

该片改编自洛厄尔·坎宁翰的同名漫画，经过长时间的筹备和剧本修改。导演巴里·索南菲尔德将故事背景设定在纽约城，并借鉴了芬兰建筑师的风格设计了MIB总部。工业光魔负责了影片的特效制作，经历了复杂的创作过程。拍摄期间，剧组发现结尾不够精彩，进行了大规模的修改，并采用电脑特效替换了昆虫外星人的电子模型。演员阵容包括汤米·李·琼斯、威尔·史密斯、琳达·费奥伦蒂诺等。